สถานะการณ์ภายหลังภาคแรก 3 ปีชูยะตั้งกรุ๊ปกบฎแล้วก็ขึ้นเป็นผู้นำก่อสงครามกับพวกคนแก่ กฏ BR ถูกนำกลับมาใช้อีกทีแบบชั่วร้ายกว่าเดิม ชิโอริบุตรสาวของคุณครูคิตาโนะที่ถูกชูยะยิงตายไปเมื่อภาคที่แล้วอยากค้นหาคำตอบเลยไปสมัครเรียนในสถานที่เรียนซึ่งมีแต่พวกเด็กเหลือขอ แล้วเด็กกรุ๊ปนั้นก็ถูกคัดมาเล่นเกมลักษณะเดียวกันกับพวกชูยะคือถูกพาตัวมาที่ค่ายจับสวมปลอกคอมีคุณครูริกิที่บุตรสาวตายเนื่องจากพวกชูยะก่อกบฏเป็นคนควบคุม เกมนี้ต่างจากภาคแรกคือให้จับแบบเป็นๆคู่ถ้าหากคู่ตายก็ต้องถูกระเบิดตายตามไปด้วยและไม่ได้ให้ล่ากันเองแต่ให้ตามล่าชูยะกับพวกกบฏบนเกาะที่พวกชูยะหลบซ่อนอยู่ เกมนรก สถาบันพันธุ์โหด 2
เริ่มภารกิจแรกยังไปไม่ทันถึงเกาะก็เริ่มถูกกรุ๊ปของชูยะจู่โจมตาย และตายอีกในตอนที่ไปเก็บลูกกระสุนปืนที่ถูกส่งลงมาจากเครื่องบิน พวกนักเรียนตัวหลักๆคือทากุกับพวกที่เหลือถูกพวกชูยะล้อมไว้ พวกชูยะใช้ระเบิดทำลายระบบแล้วก็ช่วยถอดปลอกสำหรับใส่คอ ริกิส่งทหารเข้าไปแต่พวกชูยะจัดแจงได้ ชูยะพูดจนถึงกรุ๊ปนักเรียนยอมเป็นพวกด้วย อยู่ๆสหรัฐฯก็ยิงจรวดนำวิถีลูกแรก นายกสั่งให้ริกิจัดแจงเก็บกวาดให้หมดอีกทั้งเกาะริกิเองก็ใส่ปลอกคออยู่เช่นเดียวกัน ชูยะให้พวกนักเรียนหนีออกทางอุโมงค์ชิโอริไม่ยินยอมไปขออยู่มองจนถึงวินาทีสุดท้าย ทากุกับเพื่อนพ้องอีกสองคนเปลี่ยนใจกลับมาสมทบกับชูยะ ริกิมาถึงบอกเรื่องที่ลูกถูกฆ่าตายในเหตุการก่อกบฏระเบิดที่ปลอกสำหรับใส่คอริกิระเบิด ชิโอริถูกยิงบาดเจ็บถามชูยะก่อนตายถึงโนริโกะชูยะพูดว่าโนริโกะเป็นผู้ที่กล้าจ้องตาแล้วก็ยิ้มให้คนอื่นๆอย่างจริงใจ ชูยะกับทากุบุกออกไปก่อนที่จะอีกทั้งเกาะจะถูกกระหน่ำพวกทากุกับที่เหลือถูกประกาศว่าหายสูญ ทากุกับชูยะตามมาสมทบกับพวกที่เหลือแล้วก็โนริโกะแล้วทั้งผองก็รวมตัวกันเดินหน้าถัดไป